Allerede før The Callisto Protocol ble skikkelig annonsert hadde Bluehole sagt at skrekkspillet ville finne sted i PUBG-universet. Ganske merkelig siden det har vært umulig å se en sammenheng så langt, noe utviklerne selv tydeligvis har innsett.
Glen Schofield, skaperen av Dead Space og nå lederen av Striking Distance, forteller at The Callisto Protocol ikke har noen som helst sammenheng med PUBG: Battlegrounds lenger, men i stedet vil være i et helt nytt univers. Derfor vil spillet kun ha "noen overraskelser" til PUBG-fansen i seg.