I mars, akkurat da den første serien skulle sendes, fikk skaperen av X-Men '97, Beau DeMayo, sparken. På det tidspunktet var det ingen forklaring på oppsigelsen, men med tanke på hvor plutselig den kom, var det mange som trodde at noe ble holdt skjult.
Ifølge en undersøkelse utført av The Hollywood Reporter, stammet DeMayos avskjed fra en intern etterforskning av Marvel, som oppdaget "graverende funn". Kilder nær The Hollywood Reporter hevder at det var seksuelle overtramp som førte til at DeMayo fikk sparken.
Det er ingenting offisielt som beviser dette ennå, og det ser ut til at Marvel og DeMayo kan ha kommet til enighet etter hans exit. Hans kreditering har blitt fjernet fra sesong to, men han tvitrer fortsatt av og til om serien.