Akkurat som i tidligere spill i Super Smash Bros-serien kommer Super Smash Bros 4 til å inneholde trofeer - trophys - som du kan samle ved å gjennomføre forskjellige utfordringer, og enligt Sakurai kommer disse til å være ulike avhengig av om du spiller på 3DS eller Wii U.
Hvis du spiller 3DS-versjonen vil du samle trofeer som refererer til bærbare Nintendo-spill, og spiller du Wii U-versjonen vil du samle trofeer fra den stasjonære Nintendo-historien.