Akkurat som i Fire Emblem Awakening vil det bli mulig å gifte seg i Fire Emblem Fates, men denne gangen vil det imidlertid dukke opp flere valg. Utvikler Intelligent Systems har nemlig lagt til muligheten for å gifte seg med personer av samme kjønn.
Spillet slippes i to ulike versjoner - i den som heter Conquest kan to menn gifte seg, mens i den som heter Birthright vil det gjelde kvinner. Nintendo sier følgende i en uttalelse til Polygon:
"We believe that our gameplay experiences should reflect the diversity of the communities in which we operate and, at the same time, we will always design the game specifications of each title by considering a variety of factors, such as the game's scenario and the nature of the game play."
