Nintendo har siden lanseringen av Virtual Console stått på sitt og ment at Wiis ekstremt beskjedne lagringsplass (512mb flash-drive og støtte for maks 2GB SD kort) har vært mer enn nok. Nå innrømmer de endelig at dette ikke holder for å tilfredsstille massen av brukere som laster ned WiiWare- og Virtual Console-spill villig vekk. Særlig siden det nå kommer flere større titler til nedlasting, og folk må knote veldig for å få plass til alt sammen.
I følge MTV Multiplayer jobber Nintendo med å løse lagringsproblemet, uten at de vil ut med noe mer detaljert enn det i øyeblikket.