Når Prey sin protagonist, Morgan Yu, våkner opp på romstasjonen Talos I finner han/hun fort ut at den er fylt med utenomjordiskiske skapninger kalt Typhon. Hvordan kom de hit, og hva har de gjort med de andre menneskene? Den nyeste traileren forklarer noe av det. Ting ville visst ikke gått så bra om J.F. Kennedy hadde overlevd attentatet i 1963.
